O Curso de Mestrado em Direito Canônico é fruto de um convênio com o Instituto Superior de Direito Canônico do Rio de Janeiro, que é conveniado com a Pontifícia Universidade Gregoriana. A formação, que tem reconhecimento eclesiástico, sem titulação civil, é direcionada a clérigos, religiosos e leigos que tenham concluído o bacharelado em Teologia (curso eclesiástico ou reconhecido pelo MEC). Os alunos que não tiverem formação teológica poderão fazer complementação acadêmica e ingressar no curso. Com duração de três anos, as aulas são ministradas em módulos semanais.